Verano de 1996. Dos antiguas compañeras de instituto, Jennifer Appel y  Allysa Torey, deciden abrir Magnolia Bakery (401 Bleecker Street,  esquina con calle 11 oeste).

Estas dos jovenes emprendedoras ofrecían en su pastelería una amplia gama de productos hechos a mano, la mayoría utilizando recetas caseras: pasteles, tartas, galletas. Muy pronto sus cupcakes se pusieron de moda y comenzaron a ser conocidas en toda la ciudad.

El éxito de estos pequeños pasteles cubiertos de azúcar hace que el local aparezca en películas como «Secretos compartidos» y «El diablo viste de Prada». Pero, lo que realmente les dio fama internacional, fue convertirse en los favorítos de Carrie Bradshaw, la protagonista de la serie Sexo en Nueva York.

Además de la pastelería original situada en Greenwich Village, Nueva York dispone de cuatro establecimientos más situados en los almacenes Bloomingdale´s, Columbus Avenue, Grand Central Terminal y Rockefeller Center.

En 1999, Jennifer Appel, abandona el negocio por desavenencias con su socia y abre Buttercup Bake Shop. Según algunos, manteniendo el sabor casero y tradicional que Magnolia Bakery ha perdido con el paso de los años. Desde 2007,  el negocio pertenece a Steven Abrams.